Важным техническим событием было строительство на заводе дальнего ночного бомбардировщика ЕР-2 конструкции В. Г. Ермолаева. Оригинальная и необычная аэродинамическая схема крыла а виде "обратной чайки" создала много преимуществ с точки зрения устойчивости и управляемости, хотя и обусловила существенные технологические сложности. С участием ряда научно-исследовательских институтов и инженерных служб завода была решена сложная техническая проблема изготовления крупногабаритных детален из высокопрочиых сталей. Всего на заводе было построено более 300 ЕР-2 в бомбардировочном варианте. В составе 16 воздушной армии 2-го Белорусского фронта 45 самолетов, построенных на Иркутском заводе, участвовали в заключительных операциях по взятию Берлина в апреле—мае 1945 года. В январе 1944 года два самолета были переоборудованы в вариант экспресса ЕР-2 ОН (особого назначения) для полетов высшего руководства страны, с возможностью перевозки 10-12 пассажиров в течение 10-15 часов.